OK, GNOME sollte sich laut den Ergebnissen meiner kurzen Recherche an den "primary"-Hint von RandR 1.3 halten - keine Panik, das muss dir jetzt nichts Konkretes sagen
Ich brauche aber noch ein bisschen Info von dir: und zwar, welche Grafikkarte du in dem System verwendest, und welche Ausgabe die Aufrufe von `lspci -nnk` und `xrandr` in deinem GNOME Terminal produzieren.