rpm- und deb-Paketdateien kann man mittels 'alien' konvertieren - ist in aller Regel aber den Aufwand nicht wert, und man sollte gleich aus den Quellen bauen und selbst paketieren, wenn man Pakete fuer die selbst praeferierte Distro partout nicht finden kann.
Zu deinen Fragen:
1.) Ja, crontab und wol/etherwake. Eventuell auch rdiff-backup, wobei es alles andere als ideal ist, ein POSIX/Linux-FS auf ein Win32-FS zu sichern.
2.) smartmontools -> smartd.
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