Das tool scheint das eh zu unterstützen ... aber schau mal auf deinen zu weckenden PC in den WoL Einstellungen nach, was ihn alles aufwecken lässt.
Hab eine alte Anleitung für Windows gefunden:
http://www.novak.it/?p=67
Das einzige was ich anders machen würde ist, dass ich testweise "pattern match" auch zulassen würde.