Scheinbar ein bug im mbox backend, siehe:
https://bugs.launchpad.net/ubuntu/+s...on/+bug/483058
Deine Moeglichkeiten:
1) Du gehst nach #4 vor (natuerlich mit entsprechendem Backup des ~/.evolution/ Ordners!) und hoffst, dass das nicht in zwei Tagen wieder passiert.
2) Du konvertierst deine mbox ins maildir-Format.
3) Du suchst dir einen anderen Mail-Client (ich hab nach Version 2.0 Evolution schon vor Jahren den Ruecken gekehrt und bin auf Thunderbird umgestiegen).