Du kannst es mit
Clonezilla versuchen. Es kann aber sein, dass es wegen der Dateisystem-Fehler abbricht. Das war bei mir der Fall. Die restlichen Dateien habe ich dann unter Ubuntu "händisch" kopiert.
Trotzdem rate ich eher zum mühsameren Neuaufsetzen. Bei mir war eindeutig die Hardware das Problem, in deinem Fall spricht viel für ein Softwareproblem (könnte auch ein Trojaner sein) - und das könntest du durch das Clonen übertragen (wie das vielleicht auch bei deiner externe Harddisk der Fall sein könnte).