[Mobiletester]

Vermutlich lassen sich deine Lüfter nicht mit PWM (Pulsbreitenmodulation) regeln. Die haben normalerweise eine Elektronik eingebaut, die den Motor steuert.
Ich würde statt der Spule einen Widerstand mit 10 bis 47 Ohm mindestens 1 Watt nehmen und den Elko um den Faktor 10 auf 1000µF vergrössern. Damit bekommst du eine saubere Gleichspannung, die die Ventilatoren verkraften müssten. Da wirst du ein bischen experimentieren müssen (Ich vermute das du kein Oszilloskop hast). Hoffentlich hat deine Lüftersteuerung keine aktive Regelung über das Tachosignal (z. B.: gebe 2000U/min vor, die müssen innerhalb von 2 sec eingehalten werden), sonst kann es da Probleme geben.
Was auch sein kann ist eine Resonanzerscheinung. Dazu müsstest du die Lüfter mit einem externen, regelbaren Netzteil betreiben und prüfen, ob sie im gesamten Drehzahlbereich ruhig laufen.