Also ein i3 alleine sollte schon klappen.
Zu der Erklärung mit dem Gehäuse und der Graka:
Das Thermaltake bzw. die ITX-Boards haben ganz außen (rechts von hinten gesehen) den Kartenplatz. Und der ist eben am Rand vom Board. Da nun das Gehäuse mit dem Mainboardrand abschließt geht sich keine Graka in Dual-Slot-Bauweise aus, da die Kühler immer weg von den rückseitigen Mainboardanschlüssen wegstehen. Du könntst dich für den Fall nur um eine Single-Slot-Lösung umsehen, wenns 3D-mäßig auch was hergeben soll das System.
Sowas würde sich baulich ev. ausgehen:
http://geizhals.at/a347348.html