Sind die Probleme nur beim Start oder läuft es sonst auch langsamer?
Mögliche Ursache dann: DMA-Mode der Harddisk?
Üblicher Verdächtiger ist der Indexdienst, den keiner braucht. Schau dir also auch die gestarteten Services an. Die Suche nach nicht mehr vorhandenen Netzwerkfreigaben kann auch bremsen, das aber eher beim Booten selbst. Den Icon-Cache leeren, wird auch manchmal empfohlen.
CCleaner bzw. Tuneup tun sicher von sich aus nichts Böses, WinSysClean kenne ich nicht. Aber du könntest natürlich bei TuneUp unbeabsichtigt irgendwelche Parameter verstellt haben.
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