Naja, ist immer die Frage was man möchte.
Die D90 ist das professionellere Gerät - auch wenn die D5000 fast alles kann.
Pro D90:
besseres Display
Stangen-AF
viel besserer Sucher (wenn man die Datenblättern vergleicht)
besserer Akku
Möglichkeit für Batterie-Griff
Pro D5000:
schwenkbares Display
Das sind die größten Unterschiede die ich raus lesen konnte. Sonst sind sie wohl wirklich seeehr gleich - von der Bildqualität sicher auch.
Jetzt ist die Frage ob diese Unterschiede für dich entscheidened sind od. nicht. Aber ich würde bei den ca. 100€ Preisunterschied zur D90 greifen (wohl auch weil ich mit meiner D80 sehr zufrieden war...)
Hier siehst noch einen Feature-Vergleich zwischen D90 - D5000 - D60:
http://www.dpreview.com/previews/nikond5000/