Meine Vermutung lautet, dass durch die Hierarchien mit mehreren Verzeichnisebenen die Dateinamen (und zwar die vollständigen, inkl. Pfad) teilweise die 256-Zeichen-Grenze durchbrechen. Dann sperrt sich Windows gegen viele Dateioperationen.
Ausweg: Verzeichnisnamen kürzen bis es wieder funktioniert.
