Infos zu Partitionen findest du zB hier
http://de.wikipedia.org/wiki/Partition_(Festplatte)
imho wird es unnötig sein, Partitionen einzurichten, wenn die Platte nur ab und Zu für Backup benötigt wird, was nützen dir da unterschiedliche Partitionen?
einen Grund für Partitionen gibt es vielleicht schon, wenn du die 2te Partition mit Fat32 partitionieren würdest, um für Backup unter Linux leichter auf die Festplatte zugreifen zu können