Für neue Kameras muss bei vielen RAW-Konvertern ein Update eingespielt werden, damit die neuesten Eigenheiten der herstellerspezifischen RAW-Formate unterstützt werden.
Zwecks Kompatibilität (und aus Gründen der Zukunftssicherheit) würde ich die Konversion der NEF-Dateien in Adobes DNG-Format in Betracht ziehen.
http://www.adobe.com/de/products/dng/