Also beim Noctua NH-C12P ist es nicht egal, wie herum man ihn einbaut.
Er sollte laut Hersteller nicht so eingebaut werden, dass die "Kühlungsenden" der (relativ langen) Heatpipes nach unten zeigen.
Da das bei deiner Grafikkarte allerdings unmöglich ist, dürfte es keinen merkbaren unterschied machen, ob sie kopfüber oder normal eingebaut wird.