Sollte mit Virtual Dub gehen ->
http://www.virtualdub.org/ (Video->Filter->Add Filter->Rotate)
Ich hab das vor einer ganzen Weile mal gemacht. Der einzige (große) Nachteil war, dass ein 50 MB Video nachher plötzlich 200MB und mehr hatte. Ob es wirklich noch immer so schlimm ist, kannst du selbst ausprobieren
edit:
Ansonsten spuckt die Suche noch das aus:
http://www.wcm.at/forum/showthread.php?t=224307
http://www.wcm.at/forum/showthread.php?t=197847
http://www.wcm.at/forum/showthread.php?t=199171
http://www.wcm.at/forum/showthread.php?t=192741