foobar kann das mit dem
alac-plugin
Dazu gibt es noch zig andere plugins und extreme Konfigurierbarkeit.
Für das Umwandeln ganzer Verzeichnisbäume brauchst Du nicht einmal scripts, das läßt sich alles konfigurieren.
Ein bisschen Einarbeitung bleibt Dir allerdings nicht erspart, ist aber ein tolles offenes Projekt.