Seltsam, dass das Problem auch mit der anderen Grafikkarte auftritt.
Scheint ein Problem des AGP-Steckplatzes zu sein. Hast ausführlich getestet ob das Sys bei anspruchsvollen Benchmarks stabil rennt (beim alten Besitzer)?
Provirosich "montier" mal eine Gehäuselüfter in die Nähe des Graka-Lüfters und schau, ob die Graka ansonsten stbil laufen würde.
Wenn das der Fall ist, dann einfach denn Originalkühler entfernen und einen Ersatz kaufen, den man ans Netzteil/Mobo anschliessen kann.
http://geizhals.at/a223091.html
Lautlos und müsste für eine 6600 reichen.
Problem könnte allerdings der Bridge-Chip der AGP-Variante sein. Vorher genau schauen, ob sich ein etwaiger Ersatzkühler ausgeht.