Hmm, da 4500 Punkte normalerweise einen flüssigen Ablauf garantieren sollten, nehme ich an, das System ruckelt nicht "prinzipiell", sondern teilweise läuft's flüssig, dann ruckelt's wieder.
2 Dinge (neben den bisher gesagten) fallen mir noch ein: Entweder die Indexerstellung oder ein ähnliches Programm blockiert Dein System mit Festplattenzugriffen o.Ä.
Probier mal, alle laufenden Prozesse zu beenden, bevor Du den Benchmark startest, nimm ev mittels "msconfig" alles nicht benötigte aus der Autostart raus.
Sonst fällt mir nicht viel ein. Virus ist IMHO eher unwahrscheinlich, aber schau trotzdem mit einem aktuellen Scanner einmal nach.
Probier, wenn das alles nichts hilft, punktuell Peripheriegeräte aus dem System zu entfernen (die SB Live zum Beispiel)
Viel Glück
mig