Im Normalfall ist eine LowLevelformatierung einer modernen Festplatte (über 500 MB) keine Problem sein.
Würde ich aber auch erst dann versuchen, wenn alle anderen Tools nichts mehr bringen
versuch mal das Tool
http://www.users.intercom.com/~ranish/part/
damit bessert man Fehler von zB. PartitionsMagic leicht aus
enjoy