Ja, der Tomcat ersetzt deinen Apache, soferne du keine zusätzlichen Apache Features benötigst.
Im Endeffekt brauchst du nur den Tomcat zu installieren.
Das Web-Apps Verzeichnis enthält dann deine Webapplikation.
Servlets sind die Basis für alles, was Java und Web betrifft.
Ich würde dir empfehlen, mit ein paar einfachen Servlets/JSPs zu beginnen.
Ich persönlich verwende ja lieber ASP.NET oder PHP, da der Programmieraufwand um einiges geringer ist.
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