Ich benutze das c't Tool, bissi Einarbeitungszeit aber super tool, macht immer nur ein Backup von den letzten Datein und die anderen werden per Hard Link verknüpft.
Siehe hier:
http://www.heise.de/ct/ftp/result.xh...l&words=Backup
Ansonsten täte ich Syncback nehmen siehe hier:
http://www.2brightsparks.com/syncback/syncback-hub.html
Super Proggi mit etlichen Einstellungsmöglichkeiten und Freeware.