Ich habe vor ein paar Tagen die Erfahrung gemacht, dass Cuttermaran den MP2-Ton mitbearbeitet hat (er lädt ja nach der Videodatei die zugehörigen Tondateien automatisch), obwohl ich sie aus dem Soundfenster zuvor entfernt hatte.
Wenn du die Datei vorher löscht oder umbenennst, sollte das aber nicht passieren - und ich habe deine Erfahrung gem. 3) auch noch nicht gemacht.
Du könntest aber jedenfalls mit einer anderen Anwendung muxen. Ich verwende den
Imago Muxer: völlig problemlos, hinreichend transparent und sehr schnell.