Deine Sorgen sind vollkommen unbegründet. Um die Anordnung der Daten auf der Festplatte brauchst du dich nicht zu kümmern und es gibt auch kein Programm, mit dem du Daten entprechend deinen Wünschen anordnen kannst.
Das alles erledigt das Dateisystem vollkommen eigenständig.
Es ist wie DaMat richtig sagt, "vollkommen wurscht", ob und wie die Festplatte fragmentiert ist.
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Gruss Miro
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