Füg zuerst einmal alle Files zu einer Bibliothek zusammen. Das wird dann sowieso auf der externen Platte sein. Wenn du dann wirklich alle Files auf der externen Platte hast, alles funkt, dann kannst ja die "alten" Files in Eigene Dateien löschen, die sich im Ordner "iTunes Music" noch befinden. Schließlich hast ja nur kopiert. Somit sollte der Ordner iTunes im Eigene Dateien-Verzeichnis ziemlich leer sein. Aber nicht ganz
Denn dann sicherst genau diese verbliebenen Files, die im Ordner "Eigene Dateien" unter iTunes sind. Im Prinzip ist das ein XML-File, also deine Bibliothek mit allen von dir erstellten Playlisten, Bewertungen usw. aber keine eigentlichen Audiodaten - die sind ja auf der externen Platte.
Wenn du dann neu aufgesetzt hast, schmeisst einfach den Ordner bzw. Files wieder an die selbe Stelle auf den nunmehr jungfräulichen Rechner und schon solltest deine Bibliothek wieder haben.