Welches Linux? Welcher Bootmanager?
Weil mit Grub hatte ich ein derartiges Problem noch nie
... bei Standardeinstellungen der Installation
- nach "Eigenkonfiguration" von Grub oder der fstab-Optionen natürlich schon öfter...
Würde sehr wohl mit fixmbr und fixboot vorgehen, danach ist halt erneut eine saubere Linux-Bootmanager-Installation erforderlich.
Z.B. Yast unter Suse läßt einen bei der Installation ähnlich wie fixboot den Bootmanager reparieren.