Mache es doch so:
- FAT32 Festplatte partitionsweise mit DriveImage oder ähnlichem Programm auf die NTFS-Platte sichern
- FAT32 Festplatte partitionieren und mit NTFS formatieren
- Images auf die EX FAT32 Festplatte zurückschreiben
Dann hast Du zwei NTFS Platten und gut iss.
Empfehlung: HDD1 => Winzigweich Windows und Auslagerungsdatei, HDD2 => Flusi
Toptip: Richte doch ein RAID-0 (Stripeset) ein, wenn Du kannst. Die Lesegeschwindigkeit verdoppelt sich. Fällt aber eine Platte aus, ist alles weg! Fällt aber eine der Platten von Dir ohne RAID-0 aus, ist auf dieser Platte auch alles weg. So oder so muss man also immer schön die Daten sichern!
Ich habe drei 80 GB 7200 rpm S-ATA Festplatten als RAID0, damit habe ich eine mittlere Leserate von 115 MB/s bei einer mittleren Zugriffszeit von 8,5 ms. Das ist recht flott.