Hallo Nils,
Microsoft hat zum Thema "manuelles Entfernen des FS 2004" eine eigene Seite aus der Knowledgebase eingerichtet:
http://support.microsoft.com/kb/888846/de
Wenn Du Dich an diese Anleitung hältst, sollte es doch eigentlich ohne allzu großes Risiko funktionieren.
Viel Erfolg
Erich