Ich kenne Gimp nur vom Weghören (
), kann Dir aber vielleicht trotzdem einen Tipp geben: einfach das Bild mit dem Filter bearbeiten, dann den Teil des Bildes freistellen und in die Zwischenablage kopieren. Die Bearbeitung anschließend verwerfen und nochmals das Original einlesen, danach die Zwischenablage über dieses Bild kopieren. Und wenn der Übergang weich sein soll, dann eben vor dem Kopieren in die Zwischenablage eine weiche Auswahlkante definieren.