@Dieter
Die „interne“ Uhr des FS ist wohl seine GMT. Diese innere Uhr unterliegt Deinen beschriebenen Taktfehlern. Dem ist nichts hinzuzufügen.
Die plötzlichen Sprünge finden ihre Ursache eher in der „Local Time“ des FS. Die Uhren fast aller Flugzeuge (außer wenigen Addonfliegern) richten sich nach der Local Time des FS. Durchfliege ich eine Zeitzone, so wird diese in der Borduhr sofort verstellt.
Wonach der Sonnenauf- oder –untergang und vor allem der Sonnenstand tatsächlich ihre Informationen hernehmen, da bin ich nicht so sicher. Sollten sie nach GMT des FS und der Positionen meines Flugzeuges berechnet werden, so dürften Sprünge nicht möglich sein. Sollte aber die Local Time den Sonnenstand beeinflussen, so sind Sprünge nicht zu vermeiden.
Beim FS8 vermeine ich, solche Sprünge beobachtet zu haben, komischerweise beobachtete ich solche Sprünge nicht im FS9

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Allerdings flog ich:
1. Sehr langsame Flugzeuge auf sehr langen Strecken (z.B. Vimy oder Vega)
2. Benutzte ich nie die Schnellverstellung
3. Musste ich immer nach sehr wenigen Stunden Zwischenspeichern und die Situation dort am nächsten Tag weiter abfliegen, da ohne Autopilot solche Legs doch etwas brutal sind und ich Zeit nicht unbegrenzt zur Verfügung habe

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Ich hatte während dieser langsamen Flüge durchaus Zeit, die Sonnenaufgänge langsam zu verfolgen und war auf „Sonnensprünge“ gefasst, aber nie konnte ich so etwas beobachten.
Warum nun einige Airlinerpiloten andere Beobachtungen gemacht haben und von Sprüngen berichten, ist mir nicht klar. Entweder haben diese die LC für GMT gehalten und waren deshalb irritiert, oder der FS verhält sich bei schnellen Fahrzeugen oder Schnellverstellung völlig anders, oder ich habe einfach nicht richtig beobachtet.
Das der Sonnenstand sich nach der GMT des FS richtet, dafür würde auch die Tatsache sprechen, dass der FS über RealTime nach Systemzeit läuft. Denn die Local Time des FS bleibt ja weiterhin unbeeinflusst (bis auf die Korrektur durch Time Zone, was aber auf den Vorgang hier keinen Einfluss haben sollte). Somit müsste die Sonne trotz Systemzeit „springen“, sollte die Local Time die beeinflussende Größe sein.
Kurz:
Himmelskörper werden nach Position des Fluggerätes und der GMT im FS berechnet, die Zeitmessung im Flugzeug erfolgt aber nach der FS Local Time (soweit kein Addon). Sprünge der Himmelskörper sollten im FS9 somit eigentlich nicht vorhanden sein.
Nur bin ich mir mit meiner Behauptung durchaus nicht sicher

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Grüße,
Andreas