Es ist leider immer schlecht, sich über Backups Gedanken zu machen wenn es (fast) schon zu spät ist.
Dass auf Deinem Rechner Trojaner zu finden waren, ist auch kein gutes Zeichen. Ich muss gestehen, ich weiß nicht, wie man sich diese Dinger einfangen kann. Ganz ehrlich. Die einfachste Methode der Prävention dürfte der Verzicht auf fast alle Microsoft-Produkte sein: kein MSIE, kein Outlook Express, kein Office. Windows XP und der FS9 sind erlaubt.
Automatische Updates sind Pflicht. Firewall ist Pflicht. Nachdenken und eine Portion Paranoia beim Öffnen von Mail-Anhängen oder Downloads aus unbekannter Quelle ist Pflicht.
Primäres Ziel sollte zunächst sein, den Rechner sauber zu bekommen. Keine Viren, keine Trojaner. Spybot Search & Destroy ist wahrscheinlich hilfreich dabei. Bitte KEINE Online-Virenscanner verwenden. Die KÖNNEN nur mit ActivX funktionieren und genau das soll vermieden werden.
Wenn Du eine zweite Festplatte hast, dann ist ein Backup relativ leicht, hängt aber auch davon ab, was Du sichern willst. Windows XP liefert ein Backupprogramm mit nur die Bedienung ist, meiner Meinung nach, "gewöhnungsbedürftig".
Das Dumme bei Windows-Backups ist nämlich, dass viele wichtige Dateien in versteckten Verzeichnissen liegen! Der normale Benutzer bekommt die nicht zu Gesicht bzw. weiß nicht einmal, dass diese existieren.
Backups von FS9-Add-Ons sind leicht. Die speichert man sinnvollerweise einfach in einem eigenen Download-Verzeichnis und das kopiert man periodisch auf CD-R, DVD und die zweite Harddisk.
Registrierungscodes oder sog. Keyfiles kommen üblicherweise per E-Mail. Diese Mails einfach in ein eigenes Verzeichnis abspeichern, vernünftige Namen vergeben und das Verzeichnis genauso sichern.
NIEMALS die Original-Dateien, die man runtergeladen hat löschen. NIEMALS NIE! Gebt den Dateien vernünftige Namen (sogar Windows kann seit dem vorigen Jahrtausend mit mehr als acht Zeichen im Dateinamen umgehen, gell flightsim.com?), sortiert sie in eine vernünftige Verzeichnisstruktur um (Szenerien, Flugzeuge, installierte Szenerien, usw.) und sichert diese Verzeichnisse. Aber NIEMALS die zip-Dateien löschen. Nur sie enthalten die Originale.
Bei kommerziellen Add-Ons können leider viele dumme Dinge passieren. Manche Hersteller erlauben nur eine bestimmte Anzahl an Installationen und beanstanden, wenn Windows neu installiert wurde. Da hilft nur, den Support zu quälen (dafür ist er da) und zu fragen, wie man denn genau vorgehen soll, um das Add-On zu sichern weil man Windows neu aufsetzen muss oder auf einen neuen Rechner übersiedeln will.
Bekommt man keine vernünftige Antwort, dann sollte einem das eine Lehre sein und in Zukunft solche Add-Ons zu meiden. Das sollte man dann aber auch dem Hersteller mitteilen.