Sceneries sind noch relativ harmlos, was das Installieren/Deinstallieren betrifft. Sie können jeweils in einem eigenen Verzeichnis stehen und brauchen nur einen Eintrag in scenery.cfg, um zu funktionieren. Manche brauchen noch die VOD- oder Airport-Texturen aber das war's dann auch schon.
Flugzeuge und vor allem Panels sind da komplizierter. Diese haben nämlich meistens auch Dateien im gauges-Verzeichnis. Da außerdem sehr viele Freeware-Panels auf die gleichen (Freeware-)Gauges zugreifen, wurden dort wahrscheinlich schon mehrere verschiedenen Versionen der Gauges in nicht mehr nachvollziehbarer Weise installiert.
Wenn Du sagst, du hättest schon Panels modifiziert dann betrifft das in erster Linie wahrscheinlich Einträge in panel.cfg oder so ähnlich. Das heißt aber auch, dass Du nur diese Dateien sichern musst und sonst nix. Hast Du auch an den air-Dateien gewerkt, dann musst Du natürlich auch die sichern, usw.
Im Endeffekt genügt also wahrscheinlich ein Suchen nach *.cfg, *.ini im FS2000-Verzeichnis (Startmenü:Suchen

ateien/Ordner...). Dann markierst Du alle Dateien der Ergebnisliste und ziehst sie auf Deinen Lieblingspacker (ZIPcentral, WinZIP, wasauchimmerZIP). Den vollständigen Pfadnamen sichern nicht vergessen. Fertig ist das Backup.
Die Add-Ons mit Deinstallationsprogrammen würde ich "sauber" deinstallieren (z.B. FSTraffic (eigene Tracks vorher exportieren), FSAssist, usw.) damit es später nicht zu Problemen kommt.
Wenn Du dann den FS2000 deinstallierst (ohne vorher die Add-Ons zu löschen) dann wird der Deinstaller wahrscheinlich meckern, dass noch Dateien übrig sind, die er nicht löschen kann. Das ist egal. Meckern tut er sowieso. Einfach danach das übriggebliebene FS2000-Verzeichnis löschen.
Dann kannst Du Deine Installationsorgie starten: FS2000, FS2000-Patch, Add-On Tools, Add-On Scenerien und Flugzeuge.
Wenn Du alles im selben Pfad wie früher installiert hast, dann genügt es, die gewünschten cfg-Dateien genau dorthin zu entpacken. Aufpassen auf scenery.cfg. Die Einträge solltest Du persönlich kontrollieren. Vielleicht hast Du ja eine Scenery vergessen oder so. Dafür würde ich aber ein Hilfsprogramm nehmen. Bei FSNavigator ist z.B. eines dabei (FSNAVtoDBC oder so) damit kann man wunderbar Sceneries installieren, die Reihenfolge verschieben und aktivieren.
Viel Glück (und langes Leben, Du brauchst es...

)