Geht schon, nur wie du schon gesagt hast, wird dabei der Bootmanager von Win2k überschrieben.
Du müsstest dir eine Win2k Notfalldiskette erstellen, und wenn du Win98 installiert hast, mit dieser den Bootmanager wieder herrichten. Sollte eigentlich so funktionieren. Ich habs bloß noch nie gemacht, weil ich immer zuerst Win98/ME installieren und dann erst Win2k
