Die beste möglcuihtkeit sind 2 primäre paritionen und en bootmanager.
Dann wird erst eine partition aktiviert, ein Windows installiert, danach neu starten, 2 Partition aktivieren und das andere Windows installieren. Dann kommt noch der bootmanager und das war's

Dadurch können die unterschiedlichen Windowse getrennt voneinander mit hilfe von format c: neu aufgesetzt werden

und man muss keine rücksicht auf irgendwelche startdateien nehmen
