Also ich bin jetzt mal ganz frech und unterstelle schlicht und einfach der Fensterverwaltung von Windows, "suboptimal" zu sein.
Es hängt wahrscheinlich auch von den Einstellungen Deiner Taskleiste ab. Da gibt es ja die Möglichkeiten, sie immer im Vordergrund zu halten und/oder sie automatisch ausblenden zu lassen. Verändere einmal diese Einstellungen und probiere aus, ob der Effekt noch einmal auftritt.