Das wird wohl so leicht nicht sein, aus dem Internetexplorer(oder halt einer html Site) Programme zu starten. Denn fürn Bowser schaut das so aus, wenn du auf eine exe mit file:///..... linkst, schaut das ja für den Browser so aus, als ob er eine exe downloaden soll. Is ja das gleiche wenn du eine exe aus dem Internet downloadest. Dann springt auch der "Downloadmanager" an, und es wird nicht die exe an Server ausgeführt.
Also mit normalen Links wirds nicht funktionieren. Eher mit einem ActiveX Steuerelement(sollte zumindest, habs aber noch nicht ausprobiert). Aber dazu muss man schon ein ActiveX Steuerelement in VB schreiben. Außerdem wird jeder Virenscanner dann anspringen, wenn der Browser versucht ein Programm zu starten.
Also ich würd mir das ganze nicht antun, und den Desktop "normal"

benutzen.