Franky, es sieht so aus, als wenn Du wirklich gar nichts über die Systeme der PMDG bzw. 737NG weißt.
Da kann ich Dir nur wärmstens das Tutorial empfehlen, welches Du
HIER downloaden kannst. Es ist in deutscher Sprache und erklärt u. a. auch, wie der FMC und der Autopilot zusammenarbeiten.
Edit: Den Flugplan, den Du in den FMC eingibst, musst Du selbstverständlich auch dem FS mitteilen, sonst weiß ATC ja nicht, wohin du fliegen willst.