Nun mal nicht drängeln, schließlich sind Feiertage ;-)
Die Programme installieren ihre AF2 schon in eigene Verzeichnisse, nur melden sie diese Verzeichnisse dann auch in der scenery.cfg an. Und doppelte AFCADs sind eine potenzielle Fehlerursache und auch Absturzursache für den FS. Das Tool ScanAFD
http://www.nwlink.com/~erog/ hilft Dir, solche Fälle heraus zu finden und zu korrigieren. Richtige Version installieren (Update
here.
Von Haus aus bringt m.W. nur MT Mil mit, bei allen anderen kannst Du es aber entweder problemlos zusätzlich installieren, oder in die Oberfläche integrieren - in beiden Fällen händisch.