Moin Jens,
natürlich kann es auch an doppelten afcad-files liegen. So einfach läßt sich das aber nicht feststellen. Es kann auch zig andere Ursachen geben.
Wenn Du zumindest mal checken willst, ob es vielleicht solche Doubletten für einen oder mehrere Airports gibt, dann lade doch einfach mal das kleine Programm "ScanAFD" runter. Das hilft bei der Analyse.
http://www.nwlink.com/~erog/
Viel Erfolg
Erich