Ich kann Dir nicht mit Sicherheit bestätigen, dass es so ist.
Meiner Erfahrung nach richtet sich die ATC des FS9 nach der mit dem MS-Flugplaner erstellten Route (bzw. auch nach einer importierten Route).
Die Anweisung der ATC "cleared to ..." bedeutet also "folge Deinem Flugplan bis zu ..." und nicht "direct to ...".
Mit der Methode bin ich eigentlich immer ganz gut gefahren, ääh, geflogen.
Schwierigkeiten gibt es da eigentlich nur, wenn die angepeilte STAR sehr kompliziert ist und um den halben Flughafen herum führt. Das verwirrt die ATC offenbar. Es sollte keine Kreuzung zwischen verlängerter Landebahnrichtung und gewähltem Flugplan geben.