Auf einem ACPI-System hat das BIOS was Interrup-Konfiguration angeht eigentlich nicht mehr wirklich etwas zu melden.
Ich kann dir nicht genau sagen, ob du wirklich auf Kernel-Ebene was an dem problem drehen kannst, aber du solltest dir vielleicht folgende Optionen ansehen:
PCI_MSI, IRQBALANCE in deiner /usr/src/linux/.config
Vielleicht hilft ja auch der Bootparameter "pci=routeirq" was, auch wenn ich nicht sicher bin, was das genau macht.
Vielleicht bringt's was, probieren kannst du's ja.
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