Ich würde sagen gar nicht.
Du kannst den Bootloader von der Startpartition nicht auf deine Systempartition verlegen. Ist eine komplizierte Geschichte.
Falls du doch vor hast die Startpartition zu löschen und du deinen Bootloader selbst reparieren willts solltes du dir diesn Artiken durchlesen.
http://support.microsoft.com/kb/305595/de
Wenn nicht bleibt nur diese Lösung:
Nachdem du 3 Partitionen hast würde ich vorschlagen das du auf eine normale Primäre Partition deine Daten sicherts und das Betriebssystem neu installierst. Beim Setup löscht du dann die alte Systempartition, die Datenpartition läßt du in Ruhe. Wenn das Betriebssystem neu installiert ist kopierst du deine Daten auf die neue Systempartition, löscht die normale Primäre Partition wo die Daten drauf waren und erstellst aus diesem Speicherplatz und dem wo die alte Systempartition drauf war eine neue Partition für deine Daten.
Am Schluß solltes du dann C: und D: haben und das Betriebssystem ohne Nachfragen von C: booten.