Ist der Controller im Bios als erster dran beim Booten?
Dann ist die Lösung wahrscheinlich ziemlich einfach.
Richte die Bootreihen entsprechend der angeschlossenen Festplatte, als HD0 in den meisten Fällen.
Und wenn der Controller nicht benützt wird, am bsten im Bios gleich deaktivieren.
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