Da niemand antwortet, ein paar Hinweise von mir. Freeware Tool kenn ich dafür leider keines. Evtl. hilft eine google suche mit folgenden Stichworten:
DeClicking
DeCrackling
DeNois
Ansonsten wäre Steinberg Clean eine Möglichkeit, keine freeware, aber ich glaube bei manchen Soundkarten is die Software dabei.
Vielleicht is auch da was dabei:
http://www.audiohq.de/index.php?showtopic=432
(einige der dort vorgestellten Programme können auch Rauschunterdrückung, wie gut hab ich aber nicht getestet)
http://www.pcwelt.de/forum/archive/i.../t-111187.html