Das kommt davon, wenn man an der scenery,cfg herummanipuliert,
anstatt Änderungen NUR über die Szeneriebibliothek zu initiieren...
(ist nicht bös' gemeint) 

 .
Aber nur so entsteht ein solches Chaos.
Zu Deinen Fragen:
1) Area und layer haben höchstens zufällig dieselbe Nummer; ansonsten 
ist deren Numerierung völlig voneinander unabhängig.
2) In der Area Numerierung darf zwar eine Lücke sein (nur zweimal 
dieselbe Area Nummer darf nicht auftauchen). Trotzdem würde ich über-
sichtshalber die Areas in der scenery.cfg jetzt manuell seriell 
durchnumerieren.
3) Die Reihenfolge der Einträge innerhalb einer Area ist m.W. egal,
sie müssen nur vollständig und korrekt sein.
Wahrscheinlich mußt Du aber eine jungfräuliche scenery.cfg nehmen und 
all' die AddOns, die Du nutzen willst, anständig installieren bzw. 
über die Szeneriebibliothek hinzufügen.
Norbert