Konflikte mit FS9 sind mir nicht bekannt. Ich glaube nicht, dass es daran liegt. Hast du schon probiert, den Configurator (cfs3config.exe) noch mal zu starten? Manchmal gelingt es CFS3 beim ersten Start nicht, die Konfiguration richtig zu setzen.
Überprüfe auch die Versionnummer, aktuell ist CFS 3.1. Wenn du noch die Version 3.0 hast, kannst du das Update hier holen:
http://www.microsoft.com/games/combatfs3/downloads.asp