Wenn schon keine Ahnung, dann aber richtig 
 
  http://de.wikipedia.org/wiki/Hyperthreading
 
http://de.wikipedia.org/wiki/Hyperthreading
Um es kurz zu machen: Windows verteilt Threads stets zu gleichen Teilen auf alle vorhandenen CPUs. Ist eine Anwendung nicht multithreading-fähig (Wie eben der FS), dann kann sie nur auf einer der vorhandenen CPUs ausgeführt werden.
Läuft eine dieser CPUs unter Volldampf, während alle anderen mehr oder weniger vor sich hin idlen, dann zeigt der Windows-Taskmanager eine entsprechend niedrige Systemauslastung an, da er die Auslastung aller CPUs addiert und das Ergebnis dann durch die Anzahl der vorhandenen CPUs teilt. Entsprechend zeigt er für ein Zweiprozessorsystem (Welches ein Hyperthreading-fähiger Intel-PC de facto darstellt), bei dem eine CPU unter Volldampf am FS9 werkelt und die andere von Zeit zu Zeit mal die für den Windows-Desktop anfallenden Rechnereien erledigt, in der Regel nur um die 50% Systemauslastung an. Erst wenn der User parallel zum FS noch eine weitere rechenintensive Anwendung, meinetwegen FRAPS, Photoshop oder Seti@Home anwirft, kommt auch die zweite vorhandene CPU ans Arbeiten und die angezeigte Systemauslastung nähert sich der 100%-Marke.
War das so verständlich soweit?