Du könntest (sofern du noch nicht auf dein Diskettenlaufwerk verzichtet hast) die Festplatte mit einer Windows-Startdiskette formatieren.
Hier bekommst du Programme, die dir solche erstellen:
http://www.windowspower.de/downloads-cat-3.html
Ich bevorzuge win98se-Startdisketten.
Allerdings ist NTFS für Linux auch kein Problem, wie ich glaube. Für RedHat musste ich nur ein Zusatzpaket installieren, damit ich auf meine Windowspartition zugreifen konnte.
Welchen Vorteil genau NTFS bringen soll, weiß ich nicht, allerdings waren meine Windows 2000 Installationen damit immer stabiler.