Ein paar detailiertere Systeminfos wären vielleicht hilfreich.

Mainboardtype & Hersteller (Revision?)
Raid?
Ein paar allgemeine Tips:
Hat es bei Dir starke Schwankungen im Stromnetz gegeben (Kurzschluß etc.)? Hatte nach einem Kurzschluß ähnliche Probleme, da hatte es aber leider einen Wiederstand am Board gegrillt.
Schon mal BIOS geflasht?
RAM vielleicht von einem Freund ausborgen und testhalber reinstecken.
Häng mal alle Laufwerke ab und schau ob das Booten dann auf Anhieb geht.
mfg
machiavelli2k