Ich hatte dies Problem mit meinem FSBUILD auch immer (das mit den abweichenden Intersections). Bei deiner WT Tour Route kommt bei mir auch wieder nur Quatsch raus mit zwei waypoints in südamerika. Ich habe folgenden Workaround als sehr praktikabel für mich entdeckt:
Ich gehe in FS Build unter Webplanners zu diesem hier:
http://rfinder.asalink.net/free/
und lasse da die Route erstmal rechnen. Dann kopiere ich die angegebene Route in die "Flightplanzeile" von FSBuild und geben oben noch DEP und ARR ICAO ein, dann "Build" drücken und schon spuckt FSBuild diese schöne Rouete in den entsprechenden Formaten in alle notwendigen Richtungen (Squakbox,PIC,PMDG etc.) ach und "exclude SID STAR" unter Optionen anhaken, wir wollen dem ATC ja nicht die Arbeit abnehmen/hereinpfuschen ;-)
Seither hatte ich keine abweichenden Waypoints mehr und keinen Ärger mit gestrengen Controllern ;-)