... das mit den mehrfachen Einträgen in der Sceneriebibilothek hat andere Ursachen:
Da ist zunächst mal, wie bereits gesagt, die Nummerierung; diese muss durchgängig sein.
Es gibt aber noch weitere Stolpersteine: Achtet mal auf die ersten 72 Einträge ( FS2000 Pro ), diese enden weder mit einem "\" noch mit dem Eintrag "\scenery\".
Jetzt überprüft mal den Rest Eurer scenery.cfg genau auf diesen Umstand; entfernt ggf. "\" und/oder "\scenery\". Löscht ggf. doppelte Einträge und nummeriert neu, achtet dabei darauf dass sowohl "area" als auch "layer" richtig nummeriert werden. Danach dürften keine Mehrfacheinträge mehr auftreten.
Ich hab mich mittlerweile daran gewöhnt, nach jeder Addon-Installation meine scenery.cfg daraufhin zu überprüfen und habe seit dem keinerlei Probs mehr ( zumindest nicht mit der Scenery

).