Also wenn Dein Rechner die gewählten Einstellungen beim nächsten Neustart vergisst, dann ist erstmal etwas faul. Das sollte eigentlich nicht sein. Da würde ich die Schuldigkeit einmal beim nVidia-Treiber suchen.
Beim FS9 muss bei jedem Flug im Mehrmonitorbetrieb zunächst einmal in den Fenstermodus geschalten werden, dann kann man die Fenster lösen und auf den anderen Monitor verschieben. Zum Schluss wieder in den Vollbildschirmmodus schalten.
Der Standard-Flug hat diese Fensterpositionen abgespeichert. Man erspart sich also das Verschieben. Umschalten, lösen und umschalten muss man trotzdem.
Dieses Verfahren ist in der Knowledge-Datenbank von Microsoft beschrieben und somit offiziell. Meiner Meinung nach ist es ziemlich schwachsinnig.
Beim FS2002 wird es genauso sein.